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Investigación / Temas de investigación de proyectos en curso
      
Diversidad
taxonómica, genómica y funcional de
comunidades microbianas en ecosistemas
terrestres y acuáticos Andinos.
Por medio de
métodos de clonaje y de
pirosecuenciación, hemos empezado la
exploración del ADN metagenómico que
hemos extraído de muestras de suelo de
páramo del parque nacional de los
nevados, suelos asociados a distintas
vegetaciones a más de 4000 msnm. También
analizamos concentrados de los microbios
presentes en aguas ácidas de fuentes
termales de origen volcánico que tienen
su salida a la superficie en éstas
alturas. Este trabajo es parte del
Centro de Excelencia de Colciencias:
Centro Colombiano de Genómica y
Bioinformática de Ambientes Extremos -
GeBiX
www.gebix.org.co, coordinado en CorpoGen.
Contacto:
Identificación
de genes involucrados y funciones
asociadas a la formación de biopelículas
(biofilms) de Klebsiella pneumoniae
Klebsiella
pneumoniae
es un patógeno
humano que constituye un grave problema
de salud mundial. La resistencia
ambiental y en procesos infecciosos de
éste patógeno oportunista se ve
aumentada por su capacidad para formar
biopelículas. Mediante el uso de una
librería de mutantes por transposones de
K. pneumoniae que hemos generado,
se han identificado mutantes con
fenotipos donde se observa alteración en
la formación de biopelículas. En dos
mutantes donde las inserciones se han
localizado en regiones de diguanilato
ciclasas putativas, se observan
fenotipos contrastantes, de mayor y
menor capacidad para producir
biopelículas. Este proyecto busca
identificar las funciones modificadas
por estos genes responsables de tales
efectos.
Contacto:
Estructura y
funciones en los metagenomas de las
comunidades microbianas de suelos con
cultivos de papa criolla.
El estudio de
las comunidades microbianas asociadas a
suelos de cultivo de papa criolla por
medio de metagenómica basada en
pirosecuenciación (454) de ADN total de
suelo y de pyrotags obtenidos de
amplicones de regiones hipervariables de
genes 16S rRNA, librerias metagenómicas
y tamizajes funcionales, para definir y
comparar estructura taxonómica
microbiana entre diferentes tipos de
tratamiento de cultivos, tradicional vs.
orgánico, así como el diseño de nuevas
herramientas moleculares ajustadas a la
diversidad funcional encontrada en
suelos colombianos, que permitan
detectar los genes asociados a los
ciclos de elementos esenciales para el
crecimiento vegetal, y preveer la
generación de un sistema molecular que
aporte la información necesaria para
lograr una agricultura de precisión en
diagnóstico y manejo.
Contacto:
Análisis de
cepas de Mycobacterium tuberculosis
con diferencias en transmisibilidad
Se buscan
posibles diferencias genéticas, mediante
el análisis de los sitios de inserción
del elemento IS6110 y por
genómica comparativa, que puedan estar
correlacionadas con diferencias en
transmisibilidad en cepas de M.
tuberculosis aisladas durante brotes
ocurridos en Argentina y Colombia.
Proyecto del CCITB y colaboración con
ANLIS Instituto Carlos Malbrán,
Argentina.
Contactos:
Análisis de
enzimas de reparación del ADN y su papel
en la aparición de resistencia a
antibióticos en Mycobacterium
tuberculosis
Se están
analizando las secuencias de genes de
reparación de ADN en M. tuberculosis
con el fin de identificar si existe
alguna correlación entre posibles
polimorfismos de secuencia y el fenotipo
de multirresistencia a drogas
anti-tuberculosas. Colaboración con CIB,
Medellín y ANLIS Inst. Carlos Malbrán,
Argentina.
Contacto: M.M. Zambrano
Diguanilato
ciclasa y su posible rol en el
comportamiento multicelular de M.
tuberculosis.
Mycobacterium
tuberculosis ha
desarrollado mecanismos que le permiten
adaptarse a cambios ambientales, esto es
evidente en el estado latente de la
infección, en el cual, el bacilo se
enfrenta a condiciones generadas por el
ambiente intracelular dentro del
macrófago. Nosotros estamos estudiando
el comportamiento multicelular de las
micobacterias como un posible mecanismo
de adaptación, específicamente, estamos
investigando el papel de la proteína
diguanilato ciclasa y su producto, c-di-
GMP, el cual es un segundo mensajero que
ha sido implicado en la virulencia y
patogénesis en otros sistemas
bacterianos.
Contacto: Juan Germán Rodríguez
Genómica
comparativa de cepas del complejo M.
tuberculosis para la identificación
de potenciales blancos para drogas.
A partir de
una aproximación de genómica comparativa
in silico en la cual se comparan
genomas tanto de micobacterias patógenas
como no patógenas, se busca identificar
genes presentes únicamente en las
micobacterias patógenas que puedan
servir como candidatos para el
tratamiento de la tuberculosis. Este
proyecto se realiza en colaboración con
Silvia Leaö de la Escuela Paulista de
Medicina de la Universidad Federal de
Sao Paulo, Silvia Restrepo del
Laboratorio de Micología y Fitopatología
(LAMFU) de la Universidad de los Andes y
Alan Mitchell Durham del Instituto de
Matemática y Estadística, Departamento
de Ciencia de Computación de la
Universidad de Sao Paulo, Brasil.
Contacto: Andrea Sandoval
Desarrollo de diagnósticos
moleculares para Mycobacterium
tuberculosis
a) Plataforma
para detección de resistencia a
rifampicina y fluoroquinolonas
utilizando la técnica basada en
hibridación reversa, DIAPOPS (Detection
of Immobilized Amplified Products in a
One Phase System). Trabajo en
colaboración con varios laboratorios en
Europa y América Latina.
Centro Colombiano de Investigación en
Tuberculosis, CCITB.
Contacto: Andrés Varela
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